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Visiopharm
Visiopharm
說明
Visiopharm - 數位組織病理分析軟體
在精準醫療時代，發現新的潛在治療靶點和識別生物標誌物以評估藥物的適用性是關鍵。為了充分理解組織中細胞之間高度複雜的相互作用，需要標記的生物標誌物的數量不斷增加，spatial omics 研究方也因此興起。 多重免疫螢光技術（TSA, OPAL 染色）和超高多層標誌染色技術（PhenoCycler-Fusion、Cytof等）的發展解決了這一問題，但生物標誌物標記增多的同時產生的圖像數據量也在迅速增加，除了傳統的螢光抗體染色外，spatial transcriptomics, spatial proteomics 等等spatial research方式，大幅增加資料量．然而人眼可以提取和闡述的數據資訊往往只是其中的冰山一角， 這使得多重免疫螢光數據的表型和空間關係分析成為一項非常耗時的任務。
Visiopharm軟體很好地解決了多重免疫螢光表型分析的難點，其採用了基於 AI 的圖像分析和數據挖掘方法，使得研究人員能夠輕鬆實現更高維度和更客觀的定量數據分析，從而可以更深入地了解組織微環境（Tumor micro environment, TME）。
Visiopharm AI驅動的表型分析模組是一種易於使用的研究工具，可識別和視覺化TME 中的各種細胞表型，該模組的智慧方法可自動將大量數據聚集成具有生物學意義的細胞表型。 人工智慧的使用確保了準確的細胞分割，因為深度學習演算法可以處理強度、大小和形態的變化，從而準確地識別細胞群; 還可以評估空間關係和定量數據並將其與外部元數據相關聯; 內置的繪圖和可視化工具，如熱區分部圖和 t-SNE 圖，可以更直觀地呈現數據資訊。 數據還可以以免費文件格式（.csv、. tsv）導出，以便在 Visiopharm 軟體之外進行進一步的統計分析。
Visiopharm 軟體工作流程
Visualized
Classify
Detect Cells
Phenotype
Verify
Explore
Visiopharm 包含下方功能組件
Viewer ：快速強大的圖像瀏覽軟體，用於圖像數據瀏覽，創建註釋，創建圖像分析，相容主流數位切片及常見的圖像格式。
Engine ：使用 APPs 處理全切片或 FOv ，利用可用的中央處理器所有的運算核心，每個核心一次處理一個圖像。 核心越多，能同時處理的圖像就越多。
Author ：基於 AI 機器學習的分析模組 APPs 開發工具箱，包括特徵生成器、貝葉斯演算法、 K -均值聚類演算法、決策樹分級演算法，以及後處理工具等。
AI Author （ AI ）：基於 AI 深度學習的分析模組 APPs 開發工具箱，包括 U - Net ，DeepLabv5， and FCN -8s.同時包括 AI APP 庫。
APP Center ：由 Author 和 AI Author 建立的即用分析模組庫，用於以高精度分析圖像。 包括所有 APP 分析模組
Multiplex Phenotyping 針對多重免疫螢光切片標本或 CyTOF （單細胞流式質譜）圖像，自動分類、分級、顯示目標。
TissueAlign ：專利的組織對齊演算法，快速將不同染色的連續切片對齊到一個平面，並 merge 為一張切片。
TissueArray ：針對 TMA 切片，快速定位並分離組織芯點，便於分別的批量分析。
眾多Publication的肯定
僅 2022年，Visiopharm就有超過450篇著作的使用，其中約89篇跟 transcriptome 相關．想了解可以參考Visopharm Featured Publications 頁面
Description
Leveraging Industry Leading Software
Visiopharm image analysis software is leveraged to provide high precision, quantitative, digital image analysis services.The application of Visiopharm software to generate high quality image analysis data. The software, produced by Denmark based Visiopharm, is infinitely programmable, enabling customisation and definition of algorithms by OracleBio to meet your project’s specifications.
Visiopharm AI
Visiopharm capabilities are enhanced by the integration of the Visiopharm AI deep learning module. Incorporating deep learning in our workflow allows us to address more complex image analysis studies, improve the accuracy and reproducibility of quantitative outputs and reduce turnaround time.
